Az autoimmun betegség az immunrendszer tévedése, melynek során az egyes sejteket hirtelen idegennek tekinti, és az ellene indított küzdelemhez a limfocitákat – a fehérvérsejtek egyik típusát – veti be az immunrendszer. Elindít egy gyulladásos folyamatot, amely elpusztítja a pajzsmirigy szöveteit, és az egyre kevesebb és kevesebb pajzsmirigyhormont termel.